BonjourPour faire des additions avec plus de 20 chiffres significatifs sans être pénalisé par des lenteurs je souhaite faire en Asm une fonction à laquelle je donne en entrée deux chaînes-numériques de longueur non limitée et qui renvoie le résultat de l’addition sous forme d’une autre chaîne dont les caractères numériques sont obtenus comme on apprend à Question posée le 08/10/2020Bonjour,L’analyse des résultats des tests par RT-PCR qui permettent de mesurer la charge virale de Sars-CoV-2 chez un patient fait l’objet de nombreux débats depuis quelques mois. Ces tests permettent de détecter l’ARN molécule proche de l’ADN du virus dans l’échantillon nasopharyngé du patient, grâce à un processus d’amplification du génome par cycles. Les techniques disponibles permettent de cibler entre 1 et 3 gènes viraux. Plus il faut de cycles pour rendre l’ARN perceptible cette valeur est généralement comprise entre 10 et 45 moins il y a de virus dans l’échantillon prélevé. Ce cycle-seuil CT à partir duquel un résultat est positif est au cœur des débats depuis quelques Etats-Unis, un article du New York Times publié fin août a jeté le doute sur l'utilité de ces tests pratiqués dans le monde entier dans le cadre de la lutte contre l'épidémie de Covid-19, comme nous l'avions expliqué dans une réponse précédente. Avec une valeur du CT très élevée, les tests par RT-PCR peuvent en effet détecter du virus chez des personnes très peu atteintes et peu contagieuses. On trouvera ainsi des personnes positives aux profils très différents.Problématique de quantité virale»Dans le quotidien américain, le professeur d'épidémiologie Michael Mina Harvard a dénoncé une lecture binaire des tests qui sont donc soit positifs, soit négatifs, sans aucune considération, parmi les résultats positifs, du niveau de charge virale du patient dépisté. Ce qui pose, selon lui, un problème dans la prise en charge des patients. Nous utilisons [la binarité du test PCR] pour tout. Pour le diagnostic clinique, pour la santé publique, pour la prise de décisions politiques. C'est vraiment irresponsable, je pense, de ne pas reconnaître qu'il s'agit d'une problématique de quantité [virale]», expose-t-il. Ainsi, tous les résultats positifs ne justifieraient pas une mise en débat agite désormais aussi les spécialistes français. Un résultat positif proche du seuil de détection, donc avec très peu de virus, est rendu avec le même poids qu'un autre avec un CT à 12 ou 15, synonyme d'une positivité certaine et d'une contagiosité potentiellement très forte», déplorait ainsi Sylvie Van der Werf, responsable du Centre national de référence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur, dans un article d'Industrie et Technologie, le 11 septembre sur le sujet par le directeur général de la santé, Jérôme Salomon, la Société française de microbiologie SFM a rendu un avis le 25 septembre. A ce jour, aucune recommandation n'a été émise quant à l'interprétation des valeurs de CT et des résultats faiblement positifs. Cependant, la distinction entre les situations à fort ou faible risque infectieux est importante pour prioriser les efforts et les précautions à mettre en place», observe le collège d'experts réuni sous l'égide de la SFM et dont Sylvie Van der Werf est membre.Affiner la lecture des résultats positifsEn se fondant sur les connaissances scientifiques actuelles, les spécialistes proposent ainsi d’affiner la lecture des résultats positifs. Si du virus est détecté, la SFM conseille au biologiste de qualifier le résultat en fonction de la valeur du CT et du nombre de gènes ciblés et identifiés. Au-dessus d’une valeur de CT à 33, le résultat passe de positif» à positif faible».Le collège d'experts estime donc que cette distinction peut être utilisée pour évaluer si le patient risque d'être encore contagieux. Au-delà de 33, on peut ainsi considérer que le patient est modérément voire très faiblement contagieux. Cette interprétation n'a toutefois rien d'automatique, et doit aussi prendre en compte le tableau clinique de la personne, rappelle la SFM. Un point sur lequel Lionel Barrand, président du Président du Syndicat national des jeunes biologistes médicaux SNJBM, insiste également L'interprétation est clinico-biologique. Le résultat biologique n'est pas un juge de paix. Pour le même CT positif faible, on va interpréter là où il y a un risque. Un patient peut avoir un positif faible au tout début de la maladie et donc ne pas encore être contagieux, NDLR ou à la fin et donc ne plus être contagieux.» Ce qui ne signifiera pas la même chose en terme de gestion» du patient, lire aussiL'OMS a-t-elle reconnu que le Covid tue moins que la grippe ?A noter également que les seuils de cycles proposés par la SFM sont aussi à adapter en fonction de la sensibilité variable des différents tests disponibles sur le marché. Une table des concordances avec les valeurs de référence indiquées par la SFM est publiée en annexe de l’ mise en pratique va venir très vite»En quoi ce distinguo entre les cas positifs et positifs faibles va-t-il modifier la prise en charge des patients ? Dans l'avis, la SFM ne semble pas tirer de conclusions sur l'impact de cette nouvelle catégorisation pour les positifs faibles». Elle rappelle que dans toutes les situations, les mesures et les gestes barrières doivent être respectés». En médecine de ville, les nouvelles recommandations ne semblent pas encore vraiment avoir infusé. Ce n'est pas encore mis en pratique, mais ça va venir très vite. L'avis est encore récent», estime Jean-Paul Ortiz, président de la Confédération des syndicats médicaux français CSMF. La note de la SFM est consultative et ne comporte d'ailleurs aucune obligation de cette démarche, d'après Bruno Lina, virologue et membre du collège d'experts, est de simplifier la gestion des patients, sans faire prendre de risque à qui que ce soit». Certains résultats donnés tardivement dans la maladie restaient positifs. Initialement, on a mis en place des tests PCR extrêmement sensibles. Très rapidement, on s'est rendu compte qu'ils étaient capables de détecter de l'ARN viral chez des patients asymptomatiques et non contagieux. Désormais, on est sur une logique de rendu, non pas sur du descriptif de présence ou non d'agent infectieux, mais plutôt sur le risque de contagion», développe le spécialiste. Le problème actuellement, c'est si on fait un test à J+7, et que le patient est positif. Dans le doute, on dit "attendez un peu"», abonde Jean-Paul les nouvelles recommandations de la SFM, la lecture des résultats sera donc simplifiée». Pour les patients en fin de maladie avec une PCR faiblement positive, le médecin pourra recommander de reprendre la vie courante, le travail au contact des fragiles, le retour à l'école, etc.» Pour les patients asymptomatiques au moment du test et des résultats, l'interprétation reste moins simple. Ils sont peut-être au début des signes cliniques. On va replacer le test dans son contexte», explique Bruno valeur du CT fixée par les laboratoiresA l'hôpital, Alexandre Bleibtreu, infectiologue à la Pitié-Salpêtrière, explique déjà se référer à l'avis de la SFM pour la prise en charge des patients positifs au Covid. Si un patient arrive pour un autre problème et que le CT est supérieur à 33, on considère qu'il n'est pas contaminant. Il n'est donc pas forcément hospitalisé dans les unités dédiées», illustre-t-il. Autre cas Quand après quinze jours d'hospitalisation, vous voulez renvoyer un patient en Ehpad, et qu'il avait une PCR positive extrêmement faible, la structure disait "Non, vous ne nous le ramenez pas"», ajoute de son côté Bruno Lina. Désormais, avec les nouvelles recommandations, le patient pourra retourner dans l' lire aussiCovid-19 La vision d'un vaccin efficace dans quelques mois est illusoire»A noter que si l’avis de la SFM crée donc deux catégories de positifs, il ne recommande aucun seuil au-delà duquel le test positif devrait être considéré comme négatif. Seule exception, un résultat positif» peut aussi être interprété comme négatif» si un seul gène sur deux ou trois ciblés est repéré et que le CT est supérieur à 37, conseille la SFM. La valeur du CT – donc le nombre de cycles à partir duquel un résultat est positif – demeure fixée par les laboratoires, en fonction des recommandations des fournisseurs.
Ολ муվо πոււубጭπУраλеሹаብ уταկኤτιβυх кαጱеዕикл
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Ainsi la valeur de Ct de la cible la plus sensible de la technique utilisée (comparée à la technique de référence IP4 peut être interprétée concernant l’importance de l’excrétion virale comme suit
Une étude publiée le 17 septembre dans la célèbre revue Annals of Internals Medicine a procédé à une revue de la littérature afin de faire un examen complet des preuves relatives à la transmission du Coronavirus SARS-COV-2. Selon les auteurs, les preuves accumulées suggèrent que la transmission est essentiellement respiratoire, le virus étant en suspension soit dans des gouttelettes, soit, plus rarement, dans des aérosols. La transmission est très hétérogène selon les sujets infectés, et les événements de super propagation jouent un rôle majeur dans la dynamique de l’épidémie. Ces événements concernent le plus souvent des personnes se trouvant dans des environnements intérieurs, mal ventilés, pendant de longues périodes. Des contaminations aériennes Pour les auteurs, des preuves de plus en plus nombreuses indiquent que le virus infectieux peut être trouvé dans des aérosols et dans des échantillons d’haleine expirés. C’est à leurs yeux très clair la principale voie de transmission du SARS-CoV-2 est respiratoire. Lorsqu’un virus se propage par voie aérienne, il le fait soit avec des virions en suspension sur de grosses gouttelettes, soit avec des aérosols fins expulsés des voies respiratoires du cas primaire. Si les gouttelettes sont des particules de plus de 5 μm qui tombent au sol à environ 2 mètres de distance, les aérosols sont de taille bien plus réduite moins de 5 μm et peuvent rester en suspension dans l’air pendant des périodes prolongées. Les auteurs soulignent que cette dichotomie peut être une simplification excessive, et qu’il est souvent difficile de distinguer les contaminations par gouttelettes de celles qui proviennent d’aérosols infectieux en milieu clinique. S’il est probable que le virus puisse être transmis à distance notamment à l’occasion de chants ou par le simple fait de demeurer dans des environnements intérieurs mal ventilés, la proximité est un facteur déterminant du risque de contamination. C’est ce que montre une étude portant sur 2334 cas primaires qui ont été en contact avec 72 000 cas contact à l’occasion d’un voyage en train. Le taux d’attaque secondaire était étroitement lié à la fois à la distance entre les sièges et à la durée du voyage. Une autre enquête a cherché à comprendre pourquoi un cours de fitness à haute intensité a provoqué 112 contaminations alors qu’un cours de Pilate avec un instructeur en phase pré-symptomatique n’a donné lieu à aucun cas secondaire. Si l’intensité des exercices pouvait être un facteur déterminant, les auteurs ont retenu que la première salle était bondée et que la seconde ne l’était pas et que c’est la proximité des personnes qui augmentait le risque de contamination. Ce qui pourrait indiquer que la transmission gouttelettes serait supérieure à la transmission par aérosols. L’ouverture des fenêtres réduit les contaminations secondaires Les auteurs mettent également en avant que la qualité de la ventilation ou du recyclage de l’air réduit de façon significative les contaminations secondaires. Ils pointent particulièrement une étude chinoise sur la transmission domestique, qui a montré que l’ouverture des fenêtres en recyclant l’air permettait de réduire la contagion au sein des foyers. A contrario une ventilation de mauvaise qualité a été impliquée dans de nombreux groupes de transmission, notamment dans les bars, les églises et les bus. En revanche, de tels événements se sont rarement produits à l’extérieur ou alors seulement dans le contexte d’une forte promiscuité. Le masque diminue la transmission du Coronavirus Les auteurs ont également pointé plusieurs études en faveur de l’efficacité des masques tant dans les hôpitaux que dans la vie courante. Une étude a même montré que l’utilisation permanente des masques au sein des foyers réduisait sensiblement le risque de transmission dans les foyers. Autant d’éléments qui semblent confirmer le rôle dominant de la propagation respiratoire de ce virus. Les transmissions manuportées ne sont pas clairement établies Selon les virologues américains, il n’existe actuellement aucune preuve concluante de la transmission du coronavirus SARS-COV-2 par fomite ou par contact direct chez l’homme. Sur la base des données actuellement disponibles, nous pensons que les niveaux d’ARN viral ou de virus vivant restant transitoirement sur les surfaces sont peu susceptibles de provoquer une infection, en particulier en dehors des environnements où des cas actifs sont connus. » Néanmoins une bonne hygiène des mains est associée à une diminution du risque de contagion. Une transmission mère-enfant rare Si de nombreuses études ont évalué la possibilité d’une transmission mère-enfant du SARS-CoV-2 et bien que certains cas d’infection in utero ont été clairement établis, pour les experts américains, la transmission mère-enfant du SARS-CoV-2 se produit rarement. Une transmission par aérosol fécal peu probable Si la transmission fécale-orale a été théorisée au début de l’épidémie en raison de la forte concentration connue de récepteurs ACE2 dans l’intestin grêle, aucune preuve formelle ne permet d’étayer cette théorie à ce jour. La rareté des virus vivants isolés dans les selles et la faible proportion de virus qui pourraient être mis en aérosol par les chasses d’eau semblent très peu susceptibles de provoquer une infection, sauf dans des circonstances inhabituelles ou extraordinaires. Transmission sexuelle Si aucune preuve n’a permis d’établir des cas de contaminations par les biais du sperme ou du liquide vaginal, la proximité des partenaires et l’intensité des ébats suffisent à les rendre compatibles avec une contamination aérienne. Transmission sanguine La proportion de personnes ayant un ARN viral détectable dans le sang est actuellement inconnue. À ce jour, aucun virus capable de se répliquer n’a été isolé dans les échantillons de sang, et il n’existe aucun cas documenté de transmission par voie sanguine. Contagiosité des sujets infectés pas de contamination après 6 jours de symptômes Les personnes contaminées avec ou sans symptômes peuvent transmettre le virus. La transmission peut se produire à partir de personnes constamment asymptomatiques, même si elles semblent moins susceptibles de transmettre le virus que les personnes symptomatiques. La période de contagiosité maximale des asymptomatiques est à ce jour inconnue. On en sait plus sur la contagiosité des cas symptomatiques. Une étude sur 3400 cas contact a permis d’établir que la gravité du cas index et les symptômes spécifiques de fièvre et d’expectoration étaient associés à des infections secondaires plus nombreuses. Toutes les études semblent confirmer que le pic de contagiosité est à son paroxysme environ 1 jour avant l’apparition des symptômes et décline rapidement malgré l’excrétion continue d’ARN pendant toute la durée des symptômes. La période de contagiosité maximale se situerait entre 2-3 jours avant les premiers symptômes et 4 à 6 jours après. Chez les patients atteints d’une forme légère ou modérée de la COVID-19, le virus infectieux peut être cultivé pendant 8 jours après les premiers symptômes, mais pas au-delà. Chez les patients atteints d’une forme grave ou critique, le virus infectieux peut être cultivé pendant une période allant jusqu’à 20 jours après l’apparition des premiers symptômes. S’il est possible d’isoler tardivement des virus infectieux, aucune contamination tardive n’a été documentée, y compris dans les établissements de santé pour les formes graves ou sévères. Une étude réalisée à Taïwan sur plus de 3000 cas contacts étroits avec 100 sujets infectés n’a révélé aucun cas de transmission après que les patients index aient eu des symptômes pendant au moins 6 jours. La contagiosité des enfants n’est pas clairement établie Si les enfants de moins de 10 ans sont deux fois moins susceptibles d’être contaminés que les adultes, la facilité de transmission du virus des enfants vers les adultes fait l’objet d’études contradictoires. Les animaux domestiques ne contaminent pas les hommes S’il est établi que ce coronavirus peut infecter les animaux domestiques, y compris les chats, les chiens et les furets, il n’y a pas à ce jour de cas confirmés de transmission des animaux domestiques à l’homme. Des cas de contagion entre chats ainsi qu’entre chats et furets ont été documentés, mais aucun actuellement entre chiens. On suspecte des cas de transmission du virus des visons aux éleveurs dans certaines régions des États-Unis, mais les niveaux de preuve sont faibles. 10 % des cas index provoquent 80 % des cas secondaires C’est un autre enseignement majeur de cette étude. La dynamique de progression de l’épidémie est particulièrement hétérogène. Toutes les études convergent pour établir que 10 à 20 % des cas primaires provoquent la contamination de 80 % des cas secondaires. Ces contaminations se produisent lors de quelques événements de grande ampleur en termes de propagation du virus. Certains de ces événements sont désormais bien connus le centre d’appel coréen, l’église en Arkansas, le mariage en Jordanie, la chorale à Washington ainsi qu’un camp de nuit en Géorgie. Une fois contaminées lors de ces grands rassemblements, les personnes infectées propagent alors le virus au sein de leurs foyers avec des résultats variables largement influencés par la répartition par âge, la densité et la ventilation de l’espace de vie. Une étude portant sur 85 cas index à Wuhan et 115 cas contacts au sein des mêmes foyers, a permis d'établir le taux de contamination à 38% pour les foyers de 2 personnes, et à 50% pour les foyers de 3 personnes. En conclusion, les auteurs mettent la pression sur les autorités sanitaires afin de prendre en compte rapidement ces nouvelles preuves dans leur politique de santé publique face à l’épidémie de Coronavirus SARS-COV-2. Sur le même sujet Coronavirus 90 % des contaminations se produiraient de façon aéroportée dans les lieux clos et mal ventilés 1/ Our comprehensive review of transmission of SARS-COV-2 is out in AnnalsofIM with AaronRichterman RMKGandhi PaulSaxMD — Eric Meyerowitz, MD EricMeyerowitz September 17, 2020 Deschercheurs allemands ont mené une analyse virologique détaillée auprès de neuf patients atteints de Covid-19 afin d’évaluer la réplication du SARS-CoV-2, la
Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère SRAS-CoV-2, l'agent causal du COVID-19, appartient à la même espèce que le virus responsable de l'épidémie de SRAS de 2003. Le nouveau virus est apparu en décembre 2019, à Wuhan, en Chine. , probablement des chauves-souris, bien que certaines théories suggèrent qu'une espèce intermédiaire aurait pu être impliquée. Des études sur la pandémie actuelle de COVID-19 ont montré que les infections par le SRAS-CoV-2 peuvent être transmises de l'homme aux chats, chiens et visons domestiques et non domestiques. Certaines expériences in vivo montrent également que si le SRAS-CoV-2 peut infecter les furets, les chats et les hamsters, d'autres animaux tels que les canards, les porcs et les poulets ne sont pas sensibles au virus. La transmission de chat à chat du SRAS-CoV-2 a été prouvée expérimentalement, mais on en sait peu sur l'importance de ce nouveau virus en tant que pathogène félin ou sur son potentiel zoonotique inverse. L'établissement de nouveaux réservoirs animaux de SRAS-CoV-2 pourrait poser de graves problèmes pour la santé humaine à l'avenir. À l'heure actuelle, nous n'avons aucune preuve de transmission de chat à humain ou que les chiens, les chats ou d'autres animaux de compagnie jouent un rôle significatif dans l'épidémiologie du SRAS-CoV-2 chez l'homme. Bien qu'il soit clair que la pandémie actuelle est due à une transmission interhumaine, il est important de déterminer si les animaux domestiques peuvent être infectés et s'ils présentent un risque pour l'homme, en particulier ceux qui ont des comorbidités qui sont plus susceptibles de progresser vers des maladie. Les animaux domestiques pourraient également servir de réservoir viral, permettant ainsi une transmission continue du virus, même lorsque la transmission interhumaine ralentit. Des études récentes provenant d'élevages de visons hollandais qui ont signalé à la fois une transmission vison-à-chat et vison-à-humain du SRAS-CoV-2 sont d'accord avec ce scénario. Bien que la pandémie de SRAS-CoV-2 en cours soit due à une transmission interhumaine, des inquiétudes ont été soulevées quant au fait que d'autres espèces pourraient avoir le potentiel de jouer un rôle en devenant un nouveau réservoir pour le virus. Dans une étude publiée sur le serveur de pré-impression bioRxiv *, une équipe de chercheurs de l'Université de Glasgow a utilisé une combinaison de techniques de laboratoire pour montrer que deux chats domestiques de ménages avec des cas positifs au COVID-19 présentant des symptômes de maladie respiratoire légère à sévère étaient infectés avec SARS-CoV-2. Poumon d'un chat infecté par le SRAS CoV-2; un signal positif pour la protéine de nucléocapside signal vert a été détecté dans le cytoplasme de l'épithélium bronchiolaire A; bar, 10 µm et l'ARN viral points rouges du gène de pointe était détectable dans les membranes alvéolaires B; bar, 100 µm ; contre-coloration à l'hématoxyline. Tissu pulmonaire félin testé positif pour l'antigène et l'ARN du SRAS-CoV-2 Deux chats de différents foyers au Royaume-Uni atteints d'une infection au COVID-19 ont été étudiés en utilisant l'immunofluorescence, la PCR quantitative à la transcriptase inverse, l'hybridation in situ et le séquençage du génome viral. Le tissu pulmonaire du chat 1 prélevé post-mortem a montré des résultats pathologiques et histologiques compatibles avec la pneumonie virale et a également été testé positif pour l'ARN et les antigènes du SRAS-CoV-2. Un écouvillon oropharyngé du chat 2 contenait de l'ARN viral et le chat présentait des signes de rhinite et de conjonctivite. Le séquençage à haut débit du virus collecté à partir du chat 2 a montré que le génome viral félin avait 5 polymorphismes nucléotidiques uniques par rapport à la séquence SARS-CoV-2 humaine britannique la plus proche. Une étude comparant le génome viral du chat 2 avec 9 autres séquences de SRAS-CoV-2 dérivées de chats provenant de diverses régions du monde n'a montré aucune mutation partagée. Les résultats de l'équipe ont confirmé que la transmission interhumaine du SRAS-CoV-2 est possible et peut provoquer des signes de maladie respiratoire chez les chats. Les résultats soulignent la nécessité d'une approche One Health Les rapports antérieurs de transmission interhumaine du virus SRAS-CoV-2 ont été sporadiques, peut-être parce que l'expérimentation animale est limitée. Ces rapports sous-estiment la fréquence réelle de la transmission interhumaine. La transmission zoonotique inverse du SRAS-CoV-2 représente un risque comparativement faible pour la santé animale ou publique dans les zones où la transmission d'humain à humain reste élevée. Sur la base de ces résultats de l'étude, l'équipe de l'Université de Glasgow a conclu que la transmission interhumaine du virus SRAS-CoV-2 s'est produite au Royaume-Uni pendant la pandémie de COVID-19, les chats développant une maladie respiratoire légère à sévère. Les résultats fournissent des informations cruciales sur la gestion des chats par les personnes à risque de développer une maladie grave. Bien que nous n'ayons actuellement pas de preuves montrant que les chats domestiques jouent un rôle dans l'épidémiologie du COVID-19, une meilleure compréhension des mécanismes de transmission interhumaine n'est possible qu'en surveillant les chats dans les ménages infectés par le COVID-19. Il sera important d'étudier si la transmission de chat à humain est possible ou probable, et de déterminer la durée de l'excrétion du virus et le niveau de contact avec les humains qui est nécessaire pour que la transmission se produise.» Les chercheurs estiment qu'en gardant à l'esprit la polyvalence du nouveau coronavirus, il est essentiel de surveiller la transmission du virus de chat à chat, d'homme à chat et de chat à homme. Les deux infections zoonotiques inversées rapportées dans cette étude soulignent la nécessité d'une approche One Health entre la santé publique et les organisations vétérinaires. *Avis important bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies. Référence du journal Maladie respiratoire chez les chats associée à la transmission interhumaine du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni Margaret J Hosie, Ilaria Epifano, Vanessa Herder, Richard Orton, Andrew Stevenson, Natasha Johnson, Emma MacDonald, Dawn Dunbar, Michael McDonald, Fiona Howie, Bryn Tennant, Darcy Herrity, Ana C Filipe, Daniel G Streicker, Brian J Willett, Pablo R Murcia, Ruth F Jarrett, David L Robertson, William Weir, COVID-19 Genomics UK Consortium bioRxiv doi
un résultat positif proche du seuil de détection, donc avec très peu de virus, est rendu avec le même poids qu'un autre avec un ct à 12 ou 15, synonyme d'une positivité
Du 14 au 20 septembre, 1 074 309 personnes ont réalisé un test de dépistage pour le SARS-Cov-2. Le résultat est parfois attendu avec agitation et nervosité. Lorsqu’il est positif, aucun doute possible il faut appliquer les recommandations émanant des autorités de santé. Quand le résultat est négatif, cela peut conduire à des incertitudes. Quels sont les tests de dépistage ?Les laboratoires effectuent des tests PCR Polymerase chain reaction. Ce test est virologique. Il consiste en un prélèvement naso-pharyngé, à l’aide d’un écouvillon. Le but est de rechercher des traces du matériel génétique du virus dans les sécrétions. Il est préventif, car il diagnostique l’infection précocement. D’autre part, il existe les tests sérologiques. Ils recherchent, quant à eux, la présence d’anticorps IgG dans le sang. Un test positif révèle qu’une personne a déjà été infectée par le nouveau coronavirus. Quand le résultat du test est négatifCes formules sont des exemples susceptibles d’être inscrites sur le compte-rendu du test de dépistage génome du SARS-CoV-2 non détecté. Selon les dernières études, ce résultat ne peut pas exclure formellement une contamination par le SARS-CoV-2. » ;“recherche de Coronavirus SARS-CoV2 NEGATIVE. L’interprétation d’un test négatif doit tenir compte de la qualité du prélèvement, de la période d’incubation, de l’évolution clinique et radiologique éventuelle” ;“ce résultat n’exclut pas une infection par le SARS−Cov−2” ;et d’autres résultats sont difficiles à interpréter, car le “négatif” n’est pas catégorique. En effet, les laboratoires tentent d’être le plus précis possible d’un point de scientifique. Pour autant, ces conclusions ne concernent pas uniquement la Covid-19. Ces interprétations sont aussi valables pour d’autres pathologies, comme les hépatites. Comment réagir face à ses résultats pour le moins confus ? Interprétation des résultats négatifs Un test négatif peut avoir plusieurs causes. Par exemple, il est possible qu’au cours de la maladie Covid-19, la charge virale dans les excrétions soit très faible, voire absente. La période d’incubation durée entre l’infection et l’apparition des premiers symptômes est un élément à prendre en compte, dans la mesure où elle dure en moyenne 5 jours de 1 à 14 jours. Une personne guérie aura un résultat de test négatif. D’autre part, si le test est réalisé trop tôt ou trop tard, il peut présenter un “faux négatif”. Le résultat est négatif, mais la personne peut, malgré tout, porter le virus. Il y aurait entre 20 et 30 % de résultats faussement négatifs. Que faire si le test est négatif ? Si le test est négatif, une conduite est à tenir. Il est conseillé d’éviter les contacts avec les personnes vulnérables personnes âgées, comorbidité, femmes enceintes. Il est aussi recommandé de continuer à respecter les gestes barrières et à porter un masque, même là où il n’est pas obligatoire. Cet article vous-a-t-il été utile ?Cette nouvelle fait partie de nos se peut que son contenu ne soit pas à jour. archive les nouvelles 12 mois après leur parution. Pour être sûr d'avoir l'information la plus à jour sur ce sujet, interrogez notre moteur de recherche. ×À lire aussi
Si la valeur de Ct est ≤ 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale significative
De façon un peu étrange le taux de positivité à la Covid 19 est peu commenté, alors que cet indicateur est très important, et nous montre qu'une part importante de la population a et a été infectée. En préambule à cet article il convient de faire un rappel ; une épidémie cesse ou devient bénigne pour un nombre limité de raisons qui sont les suivantes Soit on trouve un traitement, Soit on trouve un vaccin, Soit le virus mute ou disparaît, Soit la population atteint l’immunité collective ». A ce stade de la pandémie de la Covid aucun traitement n’a réellement démontré son efficacité, un vaccin reste hypothétique à court terme, et les évolutions du virus sont aléatoires. Quant à l’immunité collective si on en a beaucoup parlé elle ne fait plus la une. Pourtant le tableau actuel de l’épidémie devrait inciter à s’y intéresser de nouveau même si certains travaux posent la question d'une immunité de groupe possible avec le Sars CoV-2. En effet dans l’avalanche quotidienne de chiffres autour de la Covid, il y a un chiffre qui est très peu commenté et qui pourtant devrait nous interpeller. Il s’agit du taux de positivité. Ce taux est défini ainsi Nombre de personnes testées positives en RT-PCR SARS-CoV-2 divisé par le nombre de personnes testées, sur les 7 derniers jours consolidés. Il indique donc le pourcentage de personnes qui sont porteuses du virus au moment du test, et sont donc contaminées. Au 4 octobre 2020 il était de 8,2% et ce pour 12 565 cas positifs, ce qui veut dire que l’on a testé plus de 153 000 personnes. Avec un nombre de tests aussi élevé en semaine 39, plus de 924 000 personnes avaient été testées ! la structure de l’échantillon testé devient très proche de celle de la population française*, et ce d’autant plus que les tests étant gratuits tout le monde peut se faire tester. Cela veut donc dire qu’au 4 octobre 2020 8,2% de la population française – ou en tout cas un chiffre proche – était porteuse du virus. Ce chiffre est très élevé car cela correspond à près de 5,5M de personnes ! Ces personnes qui sont testées positives, logiquement, ne vont pas se tester à nouveau et les nouvelles personnes testées dans les prochains jours seront donc bien différentes, ce seront de nouveaux cas. Au bout d’un certain temps, par exemple le 31 octobre, toutes les nouvelles personnes testées positives feront partie d’une nouvelle cohorte de personnes positives, car on ne reste pas positif indéfiniment, et aucune personne qui aurait été testée positive le 4 octobre ne le serait encore ; ce qui est déterminant ici c’est la durée pendant laquelle on est positif à un test PCR. Il est très difficile* de trouver des chiffres convergents sur le sujet mais on peut estimer que la période de positivité » aux tests PCR dure 15 jours environ. Donc si le taux de positivité reste à 8,2% tout au long du mois d’octobre on pourra estimer que plus de 16% de la population aura été contaminée pendant ce seul mois ! Là où cela devient vraiment intéressant c’est que depuis le début de l’épidémie de très nombreuses personnes ont, elles aussi, été contaminées. En utilisant rétrospectivement le taux de positivité on pourrait déduire à chaque moment la proportion de la population contaminée. Faisons l'exercice depuis début juin avec les hypothèses suivantes qui sont assez proches de la réalité d'après les chiffres que j'ai pu retrouver, notamment avec une augmentation sensible du taux à partir du mois d’août - taux de positivité en juin 1%, soit 2% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 1% - taux de positivité en juillet 1%, soit 2% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 1% - taux de positivité en août 2%, soit 4% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 2, soit 2 cycles de 15 jours, multipliés par 2% - taux de positivité en septembre 4%, soit 8% de la population positive sur le mois 30 jours divisé par 3, soit 2 cycles de 15 jours multipliés par 4% - première quinzaine d'octobre 8% de positifs, soit 8% de la population. On arrive au total à plus de 24% de la population depuis juin ! ce qui serait une excellente nouvelle car cela voudrait dire qu’une part beaucoup plus grande de la population a été contaminée par rapport à ce qu’on pensait. Et si on extrapolait à la période de février/mars/avril on serait encore plus haut une modélisation de l’Institut Pasteur indiquait environ 5% de la population infectée fin avril, plutôt autour de 30%. D’ailleurs si on reprend le chiffre de l’Institut Pasteur avec 5% de la population infectée à fin avril on a eu près de 30 000 morts et l’obligation de confiner, et avec entre 20 et 25% de la population contaminée en plus depuis cette date nous avons des chiffres très inférieurs et sans confinement, ce qui serait là aussi une très bonne nouvelle. Cela tendrait à soutenir l’hypothèse d’un virus moins virulent ou de facteurs d’immunité bien plus forts qu’on ne le pensait. En conclusion on peut penser qu’une part importante de la population a été infectée avec une accélération depuis août ; ceci explique les chiffres en augmentation hospitalisations, réanimations mais sans commune mesure avec la période de mars/avril. Si cela se confirmait l’immunité collective ne serait plus alors un objectif inatteignable, et il serait envisageable sans un coût humain insupportable. * On peut contester cette hypothèse sur un jour ou deux mais par sur la durée. Si on a testé 1 million de personnes en une semaine et que le taux de positivité est de X% il est très proche du taux dans la population générale. **C’est une donnée critique pour estimer le nombre de cycles pour compter les nouvelles cohortes ; si la durée de positivité aux tests PCR était plus longue on aurait moins de cycles et donc moins de personnes contaminées dans mes calculs. Chaquebiologiste pourrait ainsi livrer aux patients un résultat « négatif », « positif » (qui correspondrait à « une excrétion virale significative ») ou « positif faible » (soit « une excrétion

La question de la transmission du SARS-CoV-2 par une personne asymptomatique est particulièrement importante actuellement, afin d’adapter au mieux les mesures de prévention et de lutte contre l’épidémie de Covid-19. De nombreuses équipes scientifiques tentent donc de savoir si une personne porteusedu SARS-CoV-2 qui ne présente pas de symptômes peut excréter des particules virales. Si oui, sont-elles aussi contagieuses que les personnes malades ? L'enjeu de ces questions est important car si elles ne sont pas isolées, ces personnes peuvent sans le savoir transmettre le virus à d’autres, susceptibles de développer une forme clinique parfois grave de la nouvelle étude menée par des chercheurs de l’University of Ulsan College of Medicine, en Corée du Sud, et publiée dans la revue Thoraxrévèle que les personnes atteintes d'une infection silencieuse », soit les porteurs sains », possèdent autant de charge virale dans le nez et la gorge que celles présentant des symptômes. Compte tenu du nombre important de ces personnes, un cinquième de celles infectées, selon les résultats de l'étude, ces porteurs sains peuvent donc jouer un rôle clé dans la propagation de la Covid-19. Ainsi, les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 mais qui ne présentent pas de symptômes sont toujours porteuses d'une charge virale assez élevée pour être la présence d'une charge virale chez les porteurs sainsMais comme l'expliquent les chercheurs l'ampleur de cette charge virale et la mesure dans laquelle elle pourrait contribuer à la propagation du virus n'étaient pas claires ». Pour éclaircir ce sujet, ces derniers ont comparé la charge virale quantité de virus présent dans le sang circulant de 213 personnes testées positives pour le SRAS-CoV-2, mais qui ne présentaient pas toutes des symptômes d'infection. À la suite d'une importante épidémie de Covid-19 dans la ville de Daegu, en Corée du Sud, au début de la pandémie les cas-contact de ces personnes ont été retrouvés, ce qui a permis de découvrir plus de 3 000 cas de Covid-19, dont la gravité des symptômes était de nulle » à grave ».Les personnes présentant des symptômes légers ou sans symptômes ont été admises dans des établissements de soins spécialisés pour les isoler et les surveiller. Celles-ci ont été classées comme asymptomatiques si elles ne présentaient aucun des symptômes suivants fièvre, frissons, douleur musculaire, fatigue, nez qui coule ou bouché, perte de goût ou de l'odorat, mal de gorge, difficultés à avaler, toux, mal de crâne, vertiges, perte d'appétit, nausée, vomissements, douleurs abdominales et diarrhée. Avant la période d'isolement, 41 personnes n'ont développé aucun symptôme. Puis 39 d'entre elles ont subi un autre test de prélèvement sur le nez et la gorge 13 jours après leur diagnostic initial. Une force motrice essentielle pour la propagation de la Covid-19 »Sur les 172 autres personnes présentant des symptômes bénins, 144 ont été retestées, soit un total de 183 personnes incluses dans l'analyse finale. Il s'avère que plus de la moitié des personnes sans symptômes étaient toujours positives au virus, comme près des deux tiers de celles présentant des symptômes bénins, mais il n'y avait toutefois pas de différence significative en ce qui concerne la quantité d’ARN viral détectée entre les deux groupes. Si d'autres travaux doivent être menés pour confirmer ces résultats, les chercheurs estiment que leur découverte renforce l'hypothèse déjà présentée dans de nombreuses autres études que les personnes asymptomatiquespeuvent propager le virus. Étant donné que la plupart des personnes asymptomatiques atteintes par la Covid-19 sont susceptibles de passer inaperçues auprès des agents de santé et de continuer à résider au sein des communautés, ces personnes peuvent agir comme une force motrice essentielle pour la propagation communautaire de la Covid-19 », expliquent-ils. La prochaine étape consiste désormais à déterminer précisément combien de temps et dans quelle mesure les personnes asymptomatiques sont contagieuses, pour ainsi établir des règles de quarantaine appropriées pour ces dernières. En attendant, ces résultats confirment bien l’importance de la distanciation sociale et du port du masque. Nos données renforcent la recommandation d'utiliser des masques quelle que soit la présence de symptômes, et suggèrent que le test de dépistage du SRAS-CoV-2 devrait inclure les personnes asymptomatiques qui travaillent dans des milieux à haut risque, comme les établissements de santé », conclut l'auteur principal de l'étude le Pr Sung-Han Kim. A noter qu'en France, une étude menée par l'Inserm en avril en était venue à la même conclusion. Sur la base des résultats obtenus, elle confirmait qu’il existe bien des personnes chez lesquelles une excrétion du virus est mise en évidence par les prélèvements nasopharyngés, avant qu’elles ne développent des symptômes voire sans qu’elles n’en développent.

Si Ct entre 19 et 28 inclus : le résultat est déclaré Positif = Excrétion virale significative - Si Ct entre 29 et 37 inclus : le résultat est déclaré Positif faible = Excrétion virale modérée voire
Le cytomégalovirus humain CMV est le plus grand et le plus complexe, du point de vue structural, des herpès-virus. Il est caractérisé, entre autres, par la longueur de son cycle de multiplication et la mul­tiplicité des sites de possède la même morphologie et les mêmes caractéristiques globales que les autres Herpès virus, en particulier la même capacité à induire une primo-infection et des récurrences peuvent faire suite à la réactivation d’une infection ancienne ou à une réinfection par une souche virale de surinfection. Le système immunitaire de l’hôte est supposé protecteur, car les manifestations cliniques sont rares chez l’hôte trouve de nombreuses es­pèces de cytomégalovirus dans le règne animal, qui toutes sont très spécifiques de l’espèce qu’elles contaminent ; il exis­te un seul cytomégalovirus hu­main, mais avec de multiples Epidémiologie Le CMV circule dans la population et il n’y a pas d’argument pour une dépendance épidémique ou la plupart des pays en voie de développement, le CMV est acquis tôt dans l’enfance, vraisemblablement au cours de l’allaitement maternel ou secondairement au cours de la vie en communauté. Le taux de séropositivité atteint presque 100 % dans ces populations avant l’âge de fécondité. A l’opposé, la séroprévalence aux Etats-Unis est dépendante de l’âge et du statut socio-économique. A l’âge de fécondité, la séroprévalence excède souvent 90 % chez les individus de basse condition socio-économique. Chez les individus de haut niveau socio-économique, environ 50 % des jeunes adultes sont Modes de transmission Le réservoir est strictement hu­main et la contamination se fait par contact direct – voie respiratoire, par les gouttelettes de sécré­tions salivaires et respiratoires ; c’est la principale voie de contamination chez l’enfant, en parti­culier dans les crèches et les collectivités ;– transmission sexuelle ;– transfusion sangui­ne ou greffe d’organe ;– les urines des patients excrè­tent le virus au cours de la pri­mo-infection, pendant 6 à 8 mois ;– transmission materno-­fœtale est une voie importante de transmission. La transmission materno-fœtale est possible, quel que soit l’âge de la grossesse. L’infection virale est tératogène, en cas de primo-infection chez la femme enceinte ; elle peut provoquer un syndrome malformatif multiorganique et un retard Anatomopathologie Bien que le CMV puisse être régulièrement cultivé in vitro sur cellules de fibroblastes humains, il peut être isolé d’une quantité innombrable d’organes et de types de cellules provenant de patients infectés. Le CMV a été retrouvé dans l’endothélium vasculaire, l’épithélium de presque tous les organes incluant les organes endocrines et exocrines et les cellules neuronales du système nerveux central SNC.Les anomalies anatomopathologiques retrouvées vont de la destruction tissulaire massive aux cellules cytomégaliques isolées. La cellule cytomégalique typique consiste en une cellule augmentée de volume, avec un cytoplasme peu abondant à réduit, contenant un noyau de grande taille avec des nucléoles importants et des inclusions Aspects cliniques Les manifestations cliniques dé­pendent de l’état immunitaire du sujet.– s’il est immunocompétent la primo-infection est souvent totalement asymptomatique 90 % des cas, sinon elle se traduit par des symptômes non spécifiques évoquant un syndrome pseudo-grippal ou un syndrome mononucléosique avec fièvre ou fébricule, asthénie ++, arthralgies, myalgie, lymphadénopathies, pharyngite, voire plus rarement une hépatite cytolytique avec ictère ou une pneumopathie interstitielle.– s’il est immunodéprimé, qu’il s’agisse d’immunodé­pression induite receveurs de greffes d’organes ou de moelle, acquise hémopathies malignes, sida l’infection peut très sévère atteintes pulmonaires, encéphalites, polyradiculonévrites, rétinites, colites, pancytopé­nies, hépatites parfois mor­ pneumopathie intersti­tielle à CMV a long­temps été une importante cause de mortalité après transplanta­tion. L’infection congénitale à CMV présente à la naissance est fréquente, représentant environ 1 % de toutes les naissances vivantes aux Etats-Unis. Quelque 10 % de ces enfants vont présenter des signes et des symptômes de la maladie à inclusions cytomégaliques MIC, qui associe pétéchies, hépatosplénomégalie, ictère et microcéphalie. Une thrombopénie, une cholestase et des signes d’atteinte hépatocellulaire sont des anomalies biologiques compatibles. Alors que presque toutes les atteintes viscérales sont spontanément résolutives, les lésions du SNC associées à l’infection congénitale à CMV sont définitives et entraînent souvent un retard de développement significatif, une épilepsie, des déficits neurologiques graves et, plus fréquemment, une congénitale asymptomatique provoque moins de séquelles neurologiques définitives ; cependant, jusqu’à 15 % des nouveau-nés avec une infection infraclinique peuvent présenter des lésions patentes du SNC, comme une perte d’audition deux formes de l’infection congénitale entraînent une excrétion chronique de virus qui peut persister pendant des années, représentant alors une source importante d’exposition au CMV pour l’entourage. Le CMV est devenu une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les patients atteints du raison de l’importance de la transmission sexuelle dans la propagation du CMV dans la population adulte, il n’est pas surprenant que le taux de séropositivité approche 100 % dans les populations à haut risque pour l’infection VIH. Les virus endogènes et les expositions sexuelles fréquentes aux souches virales de réinfection sont donc des sources vraisemblables de CMV dans ces populations. L’importance de la coinfection par le CMV dans la progression du SIDA a été suggérée, et les résultats in vitro corroborent le rôle potentiel du CMV sur la réplication du VIH. L’un des facteurs de risque du développement d’une maladie à CMV invasive dans cette population est un taux de lymphocytes CD4+ inférieur à 50/mm3. De plus, on a noté que le développement d’une maladie à CMV avait une valeur pronostique sévère, la survie étant significativement plus courte chez les patients avec une maladie à CMV infections invasives chez les patients atteints de SIDA se manifestent par une maladie polyviscérale atteignant presque tous les organes, dont trois sont plus fréquemment atteints le SNC, le tractus gastro-intestinal GI et le tractus pulmonaire. L’infection à CMV du SNC, n’est pas exceptionnelle chez les patients infectés par le VIH. Des encéphalopathies, diffuses et localisées, ainsi que des myélites et des neuropathies ont été attribuées au la plus fréquente et la plus importante associée au CMV dans cette population est la rétinite. On estime entre 8 et 25 % le nombre de patients vivant avec un SIDA prolongé qui développeront cette infection. Les atteintes gastro-intestinales comprennent des colites et des œsophagites et moins fréquemment des gastrites. La mise en évidence clinique et biologique d’une colite à CMV est souvent associée à d’autres pathogènes gastro-intestinales, qui posent par conséquent la question de l’importance du CMV comme pathogène principal. Par ailleurs, la signification du rôle du CMV comme agent étiologique fréquent de pneumopathie chez les patients atteints de SIDA a été Diagnostic 1 Signes d’orientation – NFS syndrome mononucléosique environ 15 jours après le début de la fièvre, lymphocytose atypique, et moins fréquemment, une thrombopénie,– une hépatite biologique augmentation des transaminases, surtout ALAT, une Diagnostic virologique Le diagnostic de l’infection à CMV repose conventionnellement sur l’isolement du virus à partir des urines, de la salive, du sang ou d’échantillons de biopsie de patients présentant des symptômes compatibles avec une infection à Diagnostic direct Les échantillons à prélever sont fonctions des signes cliniques sang, urine, biopsies, LCR, Liquide amniotique, sécrétions bronchiques….Acheminement rapide au laboratoire ; si besoin, utiliser un milieu de transport.– Isolement viral en culture cellulaire le CMV est un virus facile à isoler en culture est inoculé sur des cellules fibroblastiques embryonnaires humaines.– Techniques de biologie moléculaire PCR recherche du génome techniques sont très sensibles et spécifiques, elles permettent d’obtenir un résultat peut prélever sang, biopsies, sécrétions bronchiques, rhinopharynx, LCR, urines, liquide amniotique, humeur aqueuse, prélèvement génital féminin, liquide de ponction, crachat, sperme, salive… Les biopsies doivent être déposées telles quelles dans un tube sec ; proscrire tout fixateur diagnostic néonatal repose sur la PCR dans les urines ou la salive chez le nouveau-né, dans les 3 semaines suivant la Diagnostic indirect – Sérologie CMV Il existe des trousses commerciales ELISA détectant les IgG ou les diagnostic de la primo-infection maternelle repose sur la IgM sont un bon marqueur d’infection récente mais elles peuvent réaugmenter en cas de la femme enceinte, la mesure de l’avidité des IgG CMV est recommandée en cas de positivité des IgM pour aider à dater la IgM persistent 16 à 20 semaines après une IgG s’élèvent après une primo-infection et de nouveaux pics peuvent apparaître lors d’une réactivationL’interprétation des sérologies CMV est très difficile il existe des réactions croisées lors d’autres infections herpétiques, il est difficile de différencier une primo-infection d’une réactivation…– Examen histologique Présence de cellules à grosses inclusions intranucléaires maladie des inclusions cytomégaliques.6. Traitement Uniquement chez les patients immunodéprimés et après greffe d’organes – Ganciclovir sodique CYMEVAN 500 mg pdre p sol pour perf Modèle hospitalier ;– Foscarnet sodique FOSCAVIR 6 g/250 ml sol p perf Modèle hospitalier ;– Valaciclovir chlorhydrate VALACICLOVIR SANDOZ – ZELITREX… 500 mg cp Deux médicaments, le ganciclovir et le foscarnet, ont été montrés comme étant virustatiques in vitro et in essais cliniques ont documenté l’efficacité de ces agents dans le traitement de la maladie à CMV invasive chez les patients transplantés ou atteints de les deux possèdent une toxicité non négligeable, qui empêche souvent leur administration au long ganciclovir a une toxicité hématologique qui peut limiter les doses utilisées, souvent responsable d’une neutropénie avec retentissement foscarnet a une néphrotoxicité significative, qui limite son utilisation chez les patients avec une plus, le traitement au long cours chez les patients immunodéprimés a entraîné le développement de résistances virales aux deux agents.
àla SFM en lien avec le Centre National de Référence (CNR) des Virus respiratoires ’émettre un avis d concernant l’interprétation de la valeur de Ct (cycle threshold, estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques respiratoires réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage. 2. Contexte Dans le cadre de l
LABORATOIRE CHBICHEBD'ANALYSES MEDICALESTEL 0535404526/29FAX 0535404527Prélevement du 24−11−2020 2011242344 Mr TARCHA MOHAMEDRéférence 2011242344 .Edition 24−11−2020Diagnostic du covid −19 par RT−PCR tempsreelQualitatifRésultat patient NégatifContrôle positif VALIDEContrôle négatif VALIDEContrôle interne VALIDESemi−Quantitatif CtRésultat patient CT gène R,N et E >45Contrôle positif OKContrôle négatif OKContrôle interne 29conclusionRT−PCR Sarscov−2 Négatifcommentaire−Si la valeur de Ct est 33, la présence d'ARN virale détecté est compatible avec une excrétion viralmodérée voir très Française de Microbiologie SFM du 25/09/2020 relatif à l'interprétation de la valeurde Ct estimation de la charge viraleobtenue en cas de RT−PCR SARS−COV−2 positive -version 3du 07/10/ completDr. Abderraouf CHBICHEBPage 1 sur 1
Si uniquement 1 cible détectée sur 2 ou 3 avec Ct 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible Les différents tests Trois méthodes biologiques, la RT-PCR, les tests antigéniques, la sérologie permettent de diagnostiquer une infection à SARS-CoV-2, leurs indications sont complémentaires et ciblées selon le stade de l’infection. Le malade est contagieux 2 à 4 jours avant les premiers symptômes de la maladie. ne l’est plus 7 à 10 jours après les premiers symptômes, soit 2 semaines après la contamination. La RT-PCR Test de référence par prélèvement nasopharyngé postérieur, il détecte la présence de l’ARN viral. Spécificité excellente il ne détecte que le SARS-CoV-2. Sa sensibilité dépend de la qualité du prélèvement profond et du stade de l’infection, l’excrétion respiratoire virale est maximale à la fin de la première semaine après contamination et diminue lorsque la réponse immunitaire IgM puis IgG apparait. Dans l’appareil de RT-PCR les brins d’ARN sont copiés et amplifiés en un processus cyclique. La charge virale est reflétée par le nombre de cycles Ct de seuil de positivité Ct 35 basse. Examen à réaliser chez un sujet suspect d’infection à SARS-CoV-2, symptomatique ou non. Après un contact, le test PCR doit être réalisé dans les 5 à 8 jours après le contact. Les lieux de prélèvement possibles sont référencés sur ce site dédié Afin de dédramatiser la situation pour l’enfant, de nombreux pédiatres réalisent eux-mêmes le prélèvement à leur cabinet, à charge des parents de porter simplement le tube au laboratoire. Les tests antigéniques TROD Ces tests rapides résultat en moins de 15 mn détectent la présence de protéines virales et permettent un diagnostic d’infection SARS-CoV-2 en ambulatoire. Spécificité excellente, sensibilité moindre que celle de la PCR. Si leur sensibilité est moindre 85% en moyenne, ils permettent un dépistage large de l’infection. Un test antigénique se positive à partir de 10 000 copies virales par ml alors qu’une PCR détecte dès 1000 copies. La qualité du prélèvement est essentielle, les résultats dépendants de la quantité de virus présent, toujours faire un prélèvement naso-pharyngé profond. Un prélèvement salivaire est moins fiable, du fait de la dilution et des enzymes salivaires. Le 25 septembre 2020 la HAS a validé le recours au prélèvement oropharyngé pour les tests RT-PCR des personnes asymptomatiques chez qui le prélèvement nasopharyngé est contre-indiqué prendre garde au réflexe nauséeux éventuel.Avis HAS. Le 9 octobre 2020 la HAS a proposé que les TROD soient uniquement utilisés chez les sujets symptomatiques, lors des 4 premiers jours de symptômes charge virale élevée Consulter la recommandation HAS personnes asymptomatiques dans le cadre de dépistages collectifs ciblés établissements collectifs Les personnes symptomatiques, dans les 4 premiers jours après l’apparition des symptômes, sous réserve d’un âge inférieur ou égal à 65 ans et de l’absence de comorbidité / absence de risque de développer une forme grave de la maladie Parution au Journal Officiel du 17 novembre 2020 de la réglementation d’usage des tests antigéniques La sérologie A partir de la troisième semaine après le contage, deux semaines après les premiers symptômes, le taux d’anticorps s’élève progressivement, IgM puis IgG. Un test de diagnostic rapide à partir d’une goutte de sang avec un résultat en moins de 10 mn peut mettre en évidence ces anticorps, témoignant d’une infection ancienne. A ce moment là l’enfant n’est plus contagieux. Commentaire en cas de RT-PCR positive chez un sujet déjà infecté dans les semaines précédentes, la sérologie est indispensable, la présence d’anticorps associée à une charge virale faible Ct>35 témoignant d’une présence de SARS-CoV-2 non contagieux. A ce jour les données manquent pour savoir si ces anticorps sont protecteurs, et pour quelle durée. Pour le matériel consultez la page “Nos outils”. Démarche diagnostique Infovac France Enfant symptomatique un test positif fait le diagnostic Enfant cas contact un test négatif n’élimine pas le diagnostic, une RT-PCR est nécessaire, ou refaire un test quelques jours après si l’enfant reste à domicile, ne va pas en collectivité. Règles pour tout prélèvement des voies respiratoires Port d’un masque de protection FFP2 Port systématique de lunettes de protection ou une visière Toujours utiliser un écouvillon de petit diamètre Une seule narine si le prélèvement est bien réalisé en rhino-pharyngé postérieur, en tournant l’écouvillon pour bien frotter la muqueuse Modalités de rémunération des médecins pour la réalisation des tests antigéniques Patient testé négatif cotation C2 46€ Patient testé positif, cotation C2+MIS 46+30 € en raison de l’explication de l’ensemble des mesures à prendre isolement, gestes barrières, points sur les traitements nécessaires, évaluation des situations devant faire l’objet d’une vigilance particulière et de l’initiation du contact tracing. Ces consultations sont prises en charge à 100 % par l’assurance maladie obligatoire en utilisant le code EXO DIV 3. Déclaration pour traçabilité Un document de traçabilité est à remettre au patient Tout résultat positif comme négatif devra être saisi dans un système de saisie SI-DEP recueillant l’ensemble des résultats de tests non encore en ligne Références Immunité et méthodes diagnostiques de la Covid-19 Document Infovac Les tests de diagnostic rapide du SARS-CoV-2 Quelle stratégie ? M&E octobre 2020 HAS Place des TROD dans la stratégie diagnostique de prise en charge de la Covid-19 HUHM Evaluation de la performance diagnostique des TROD Covid-19 Consultez nos fiches Covid-19 JNKe0QW.
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